İstanbul Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesinden mezun olan Zekai Kafaoğlu ve kamu hastanelerinde diş hekimi olarak görev yapan Kafaoğlu, Sağlık Bakanlığı Bakan Müşavirliğinden sonra Balıkesir Ağız ve Diş Sağlığı Merkezi Kurucu Başhekimi görevinde bulundu.
Zekai Kafaoğlu, Refah Partisi’nde İl Müfettişliği, Fazilet Partisi’nde İl Başkanlığı'nın yanı sıra, AK Parti Balıkesir Kurucu İl Başkan Yardımcılığı görevini de üstlendi.
1999 yılında Fazilet Partisi, 2002 ve 2007 yıllarında AK Parti’den milletvekili adayı olan Zekai Kafaoğlu, 30 Mart 2014 yerel seçiminde Ak Parti’den Balıkesir, 6 Eylül Belediye Başkanı seçildi.
Zekai Kafaoğlu, evli ve 3 çocuk babasıdır.